Akibat aktivisme politik ayahnya, Prabowo menghadapi masa kecil terbatas dengan tinggal di luar Indonesia mulai dari kelas tiga. Namun, cinta terhadap Indonesia, yang ditanamkan oleh orang tuanya dan kakeknya, memimpinnya untuk memilih Akademi Militer Nasional daripada melanjutkan studi di universitas Amerika terkemuka, meskipun prestasinya di sekolah menengah.
Di Jakarta, Prabowo tinggal antara rumah ayahnya di Jalan Kertanegara, Kebayoran Baru, dan rumah kakeknya di Jalan Matraman. Tempat tinggal kakeknya, R.M. Margono Djojohadikusumo, terletak di sebelah rumah K.H. Hasyim Asyari, kakek dari Presiden keempat Indonesia, Gus Dur.
Prabowo juga menghabiskan waktu di Swiss, sebuah langkah yang dipicu oleh perselisihan politik antara Prof. Sumitro dan Presiden Sukarno mengenai Partai Komunis Indonesia (PKI), di mana Prof. Sumitro tidak bisa menerima keterlibatan PKI dalam pemerintahan Sukarno, sehingga menyebabkan pengawasan rumah Prof. Sumitro di luar negeri oleh layanan intelijen.
Pendidikannya dilanjutkan di American School di London, di mana Prabowo berhasil sebagai kapten tim sepakbola, tim debat, dan tim catur, dan menjabat sebagai editor-in-chief majalah sekolah. Pada saat itu, Prabowo adalah satu-satunya siswa Indonesia di sekolahnya.
